病原菌抗药性 Pathogen resistance ，病原菌长期在单一药剂选择作用下，通过遗传、变异，对杀菌剂等获得的适应性称为病原菌抗药性。
自1882年波尔多液被用于防治葡萄霜霉病以来，铜制剂防治植物病害已有一个多世纪的历史，二硫代氨基甲酸盐类杀菌剂也应用了数十年，迄今病原真菌对这些杀菌剂均未产生严重的抗药性。植物病原体抗药性发生的历史远远晚于害虫抗药性发生的历史。20 世纪50年代中期，美国James G.
Horsfall才提出病原菌对杀菌剂敏感性下降的问题。由于当时人们对病害防治的重视程度远不如对害虫的防治，并长期使用的是非选择性、多靶标的保护性杀菌剂，植物病原体抗药性没有成为农业生产上的重要问题。直到60年代中期后，才相继发现有的病原真菌对某些传统杀菌剂诸如五氯硝基苯、联苯、六氯苯、多果定、敌菌灵等产生抗药性。但是这些抗药性都是在长期使用后出现的，例如多果定在美国纽约州防治苹果黑星病，是在使用10年后即1969年才发现防治效果降低。而且对农业生产并未构成实质性威胁。
在选择性比较强的内吸性杀菌剂广泛应用以后，抗药性问题逐渐突出起来。在使用苯菌灵防治黄瓜白粉病时，一年之内病原真菌就对此药产生了抗药性。苯菌灵防治由灰葡萄孢(Botrytis cinerea)引起的仙客来心腐病十分有效，但短期应用后效果显著下降，1 000 mg／L的苯菌灵亦不能完全抑制被分离出来的抗药性菌的生长。而野生型病原真菌在含0.5mg／L苯菌灵的培养基上就全部被抑制。其抗药性产生之快和抗药性水平之高，均是传统杀菌剂所未遇到的。到目前为止，病原菌产生抗药性的主要内吸杀菌剂有苯菌灵、多菌灵、噻菌灵、甲基硫菌灵、氧化萎锈灵、甲霜灵、多抗霉素、春雷霉素、二甲嘧酚、乙嘧酚等。其中对苯菌灵产生抗药性的病害达20种之多。